電腦斷層檢查需相當的輻射劑量，才能獲得足夠的影像資訊以供診斷；一次常規頭部的斷層檢查劑量約為 2mSv、胸部為8mSv、腹部為10mSv；相對於一張傳統胸部Ｘ光為0.06mSv，而一般民眾每年可容許的輻射劑量為1mSv。
2到10mSv對人体還算是低劑量的，而這樣低劑量輻射到底對人体有什麼傷害，醫學界並無足夠經驗，也無法進行人体試驗。所有輻射傷害的研究，都來自長崎及廣島原爆的研究，而原子彈爆炸是屬高劑量的曝露，所以研究結果也不能完全類比於低劑量曝露的電腦斷層檢查。
美國食品藥物管理局對輻射傷害有以下總結：
每個接受 10mSv的輻射曝露，得到致命癌症的機會為1/2000，這個數字看似頗高，但如果理性的解讀，其實每2000人中大約本來就有400人左右會罹癌，所以接受10mSv的劑量，只會將罹癌人數由400人增加到401人。同時經由電腦檢查結果的輔助，幫助病患得到更好的診療而痊癒或延命的人更是數倍於此。
目前大多數醫療機構的共識，是以 50mSv及40歲做分界點。因為年紀愈輕，器官對輻射傷害愈敏感，而且餘命愈長，愈有時間將輻射對身体的傷害發展並表現出來。
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